拖欠贡赋。

同时诸多废弃建筑被拆毁，其建材被用作建造堡垒，负责驻留堡垒的驻军也抽调完毕。安排好这些善后工作的阿尔梅达没有再浪费时间停留在基尔瓦，继续率领舰队沿海岸向北奔去。

尽管曼努埃尔没有在命令中指定更多在东非的目标，而是要求其尽快横渡印度洋抵达马拉巴尔海岸。副王还是发挥着主观能动性，决定先征服蒙巴萨。

蒙巴萨苏丹知道葡萄牙人是不好对付的对手，他加固城防，命令潜水员从附近沉没的葡萄牙船只中打捞火炮，叛逃至苏丹麾下的葡萄牙水手让这些火炮能够被正确使用。

不过数量稀少且保养不当的火炮没能对阿尔梅达造成威胁，舰队里的弗兰德炮手为副王赢下了与蒙巴萨之间的炮战。

蒙巴萨苏丹火冒三丈地接见了阿尔梅达派到岸上的使者：“我的主子希望您能够认清现实，和平地臣服于伟大的君主曼努埃尔是最有利的选择。”

“你们这些恶魔的私生子，火狱来的混蛋，蒙巴萨不是基尔瓦，我是苏丹而并非小鸡，没有人会在如此暴行面前坐以待毙……”

送走使者的苏丹打算拿出他手头上的所有军力与强敌一搏。

面对这些众志成城的守军和市民，观察到城内有诸多木制建筑的阿尔梅达打算讲城市付之一炬，被组织起来的葡萄牙敢死队上岸将点燃的火药罐掷入街道，火势迅速扩大，横扫全城。

大火持续一夜，次日黎明，葡萄牙军趁乱杀入其中，蒙巴萨苏丹无力阻挡，被赶出城的他只能看着葡萄牙人在烈火中毁灭城市、搜刮财富、俘虏奴隶。

吸取基尔瓦教训的阿尔梅达此次尝试将不同的城区分别划给不同战舰的水兵以进行有组织、高效地搜刮行动，这样也能减少战利品被士兵私下窃取的可能。

如此暴行让蒙巴萨屈服，这个浸在鲜血和火焰之中的贸易城邦成为了葡萄牙的新臣属。

至夏秋之交，葡属印度副王终于莅临马拉巴尔海岸。